Cassa Padana ha una storia antica, comune a quella di molte Casse Rurali nate sul finire del XIX secolo: una popolazione vistosamente aumentata, redditi familiari invariati, con conseguente fame, miseria, usura diffusa fra i contadini, soprattutto braccianti agricoli. In questo contesto nasceva a Leno, nel 1893, una cassa rurale gestita secondo i principi promossi da Frierich Wilhelm Raiffeisen, il borgomastro renano che nel 1852 aveva fondato in Germania la prima cassa rurale a servizio dei ceti più poveri.

Le radici di questa iniziativa risiedono nella dottrina sociale della chiesa. 
Ancora oggi l’ispirazione cristiana è inserita a fondamento dell’attività della banca nell’articolo 2 dello statuto.

Fra i soci fondatori si contavano 14 proprietari agricoli, due fittavoli, un maniscalco, due calzolai, un sarto, un sacerdote e un professionista. Un paio d’anni prima, nel 1891, nasceva anche la Cassa Rurale di Gambara, un piccolo paese a 13 km da Leno: alla fondazione parteciparono 61 soci, in maggior parte agricoltori, piccoli commercianti ed artigiani. Contemporaneamente, a Seniga nasceva nel 1897, dall’impegno illimitato e solidaristico di altri 20 soci, la Cassa Rurale di Seniga e Pescarolo.
Le tre casse rurali citate attraversarono con fatica il periodo fascista e la ripresa dopo la seconda guerra mondiale fu lenta e difficile.

Finché, a metà degli anni 70 avviene la fusione di tre casse che danno vita alla "Cassa Rurale ed Artigiana della Bassa Bresciana" – la banchina, come ancora oggi ricordano i soci più anziani – con sede a Leno.

La denominazione "Cassa Padana" risale al 1993, in occasione della fusione con la Cassa Rurale ed Artigiana di Gussola, una Banca di Credito Cooperativo - denominazione voluta dal nuovo testo unico bancario entrato in vigore nello stesso anno - che in poco più di 10 anni avrebbe esteso la propria presenza a 6 province (Verona, Cremona, Parma, Brescia, Mantova, Reggio Emilia), sostenuta da una rete capillare e diffusa di circa 40 sportelli. 
Nel 2010 Cassa Padana ha deliberato la fusione con la BCC Camuna, una Banca di Credito Cooperativo con sede in Valle Camonica.